Aller au contenu principal

Recherche structurée de littérature

Guide méthodologique

Thésaurus Emtree

Le vocabulaire contrôlé utilisé sur Embase.com est le thésaurus Emtree (Elsevier Life Sciences Thesaurus). Initialement basé sur le thésaurus MeSH, Emtree a ensuite été développé pour proposer davantage de descripteurs spécifiques, notamment pour les médicaments, produits chimiques, maladies et équipements médicaux.

Mis à jour trois fois par année, ce vocabulaire contrôlé est composé de termes (descripteurs) qui représentent les concepts abordés dans la littérature biomédicale.

Le vocabulaire Emtree est organisé hiérarchiquement, du plus général au plus spécifique. Il est composé d'une cinquantaine de branches, elles-mêmes divisées en sous-branches. Un descripteur peut faire partie d'une seule ou de plusieurs branches.
Grâce au principe d'explosion par défaut, l'utilisation d'un descripteur Emtree dans une recherche inclut automatiquement dans celle-ci l'ensemble des descripteurs Emtree spécifiques, c'est-à-dire situés en-dessous dans la ou les hiérarchies.

La liste des descripteurs Emtree, où il est possible d'observer leur notice descriptive, est accessible directement sur la base de données sur l'onglet Emtree. Dans cet onglet, vous pourrez également obtenir la syntaxe spécifique à utiliser pour chaque descripteur. Nous vous encourageons à toujours passer par cette étape lorsque vous voulez ajouter un descripteur Emtree dans votre tableau de vocabulaire puis dans votre équation.

Comparaison entre MeSH et Emtree

Thésaurus MeSH Thésaurus Emtree
Définition précise de chaque descripteur Pas de définition précise pour chaque descripteur
Nombre de descripteurs: plus de 30'000 Nombre de descripteurs: presque 90'000 dont un tiers concerne des noms de médicaments ou produits chimiques
Mise à jour du vocabulaire 1 fois par an Mise à jour du vocabulaire 3 fois par an
Terminologie peut être inversée (langage non naturel) Terminologie en langage naturel
Explosion des descripteurs par défaut Explosion des descripteurs par défaut

Pour aller plus loin: Présentation d'Emtree (Elsevier, consulté le 08.09.2023)

Marche à suivre

La marche à suivre ci-après présente comment chercher un descripteur Emtree pour décrire un concept-clé et obtenir sa syntaxe pour l'ajouter au tableau de vocabulaire.

1. Chercher le terme dans l'onglet Emtree

1.1 Depuis la page d'accueil Embase.com, accédez à Emtree

 

1.2 En anglais, saisissez le mot ou l'expression correspondant au concept-clé.
Si vous avez déjà identifié des descripteurs MeSH pour décrire votre concept-clé, utilisez ce terme pour lancer votre recherche dans Emtree.

Lorsqu'un descripteur existe mais n'utilise par la terminologie saisie, Emtree renvoie vers le descripteur correspondant en indiquant use:...

2. Observer la notice descriptive du terme

Cette étape est particulièrement importante car elle permet de s'assurer que le descripteur correspond effectivement au concept recherché. Contrairement au thésaurus MeSH, le thésaurus Emtree ne propose pas toujours de définition des descripteurs. Il est toutefois indispensable d'observer la hiérarchie dans laquelle se trouve le descripteur.

Un descripteur peut faire partie de plusieurs hiérarchies mais possède toujours les mêmes descripteurs spécifiques.

Des options de recherche peuvent être sélectionnées:
- Décocher la case Explode pour annuler l'explosion par défaut. La recherche se fera uniquement sur le descripteur et ne sera pas étendue à ses termes spécifiques.
- Cocher la case As major focus si le descripteur doit être un sujet majeur des articles
- Pour les descripteurs liés aux médicaments, aux maladies et aux appareils médicaux, un/des subheading(s) peuvent être ajouté(s) à un/des aspect(s) spécifique(s) du descripteur
 Plus d'informations sur l'utilisation des subheadings dans Emtree

 Ces options restreignent la recherche et doivent être utilisées avec prudence! En général, elles ne sont pas conseillées lors de recherches pour une revue de littérature, sauf dans des cas très spécifiques. Pour des recherches précises, elles peuvent toutefois être intéressantes.

 

3. Obtenir la syntaxe du terme

3.1 Si le descripteur correspond bien au concept-clé, il est nécessaire d'obtenir la syntaxe exacte qui indiquera à la base de données qu'il s'agit d'un descripteur Emtree dans votre équation. Pour cela, cliquez sur Add to Query Builder. Le descripteur avec la syntaxe s'affiche dans le Query Builder est ainsi prêt à être ajouté au tableau de vocabulaire. Si des options de recherche ont été sélectionnées, la syntaxe est adaptée automatiquement.


3.2 Copiez-collez le terme et sa syntaxe dans votre tableau de vocabulaire en construction

Tableau de vocabulaire en construction: premier descripteur Emtree identifié

Concepts retenus Social isolation Blood pressure
Termes libres "social isolation"
"socially isolated"
lonely
loneliness

"blood pressure"
"pulse pressure"
hypertension
hypotension

Descripteur(s) MeSH "Social Isolation"[Mesh] "Blood Pressure"[Mesh]
"Hypertension"[Mesh]
"Hypotension"[Mesh]
Descripteur(s) Emtree 'social isolation'/exp  

4. Répéter cette marche à suivre pour chaque concept-clé

Les descripteurs sont ainsi ajoutés l'un après l'autre au tableau de vocabulaire.

Remarques:

1. En plus des termes déjà identifiés grâce à la recherche des termes MeSH issus de PubMed, il est nécessaire de rechercher dans Emtree si des descripteurs supplémentaires existent pour décrire vos concepts

2. Un concept sans descripteur correspondant dans le thésaurus MeSH possèdera peut-être un descripteur Emtree

3. Si des descripteurs MeSH sont explosés, pensez à chercher leurs termes spécifiques dans Emtree car les hiérarchies peuvent être différentes.
C'est le cas dans l'exemple ci-dessous avec le descripteur loneliness :
- dans le thésaurus MeSH, "Loneliness"[Mesh] est un terme spécifique de "Social Isolation"[Mesh] et est recherché grâce à l'explosion par défaut, il n'est donc pas inscrit dans le tableau
- dans le thésaurus Emtree, le descripteur 'loneliness'/de n'est pas recherché car il ne se trouve pas dans la même hiérarchie, il est donc nécessaire de l'ajouter également au tableau puis à l'équation.

 

Tableau de vocabulaire complété avec tous les descripteurs Emtree identifiés

Concepts retenus Social isolation Blood pressure
Termes libres "social isolation"
"socially isolated"
lonely
loneliness
"blood pressure"
"pulse pressure"
hypertension
hypotension
Descripteur(s) MeSH "Social Isolation"[Mesh] "Blood Pressure"[Mesh]
"Hypertension"[Mesh]
"Hypotension"[Mesh]
Descripteur(s) Emtree

'social isolation'/exp
'loneliness'/de

'blood pressure'/exp
'hypertension'/exp
'hypotension'/exp

 Notez qu'il peut y avoir plusieurs descripteurs intéressants à utiliser pour un même concept. A l'inverse, certains concepts n'auront peut-être pas de descripteur correspondant. Dans ce cas, la recherche s'effectue avec des termes libres uniquement.

Syntaxe des descripteurs Emtree

Ce tableau récapitule la syntaxe des descripteurs Emtree en fonction des options de recherche choisies.

Descripteur Emtree avec explosion (par défaut)
Par défaut, l'option "Explode" est sélectionnée
Par défaut
'heart disease'/exp
Descripteur Emtree sans explosion
Décocher l'option "Explode"
'heart disease'/de
Descripteur Emtree sujet majeur avec explosion
Option "Explode" sélectionnée par défaut et sélectionner l'option "As major focus"
'heart disease'/exp/mj
Descripteur Emtree sujet majeur sans explosion
Décocher l'option "Explode" et sélectionner l'option "As major focus"
'heart disease'/mj
Descripteur Emtree avec subheading(s)
Seulement possible pour drugs, diseases, devices
'heart disease'/exp/dm_di
'heart disease'/exp/dm_di,dm_ep